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《黑客帝国》中的那些克隆人真的不会意识到自己是在虚拟中成长的吗？
题主的问题其实和希拉里·普特南提出的“缸中之脑”假想很像:一个人（可以假设是自己）被邪恶科学家施行了手术，他的脑被从身体上切了下来，放进一个盛有维持脑存活营养液的缸中。脑的神经末梢连接在计算机上，这台计算机按照程序向脑传送信息，以使他保持一切完全正常的幻觉。对于他来说，似乎人、物体、天空还都存在，自身的运动、身体感觉都可以输入。这个脑还可以被输入或截取记忆（截取掉大脑手术的记忆，然后输入他可能经历的各种环境、日常生活）。他甚至可以被输入代码，‘感觉’到他自己正在这里阅读一段有趣而荒唐的文字：一个人被邪恶科学家施行了手术，他的脑被从身体上切了下来，放进一个盛有维持脑存活营养液的缸中。脑的神经末梢被连接在一台计算机上，这台计算机按照程序向脑输送信息，以使他保持一切完全正常的幻觉…” 有关这个假想的最基本的问题是：“你如何担保你自己不是在这种困境之中？
追溯历史，2000年前的先贤庄子就提出过类似的问题:是庄周梦蝶还是蝶梦庄周？（不知周之梦为胡蝶与，胡蝶之梦为周与？），遗憾的是两千年后先贤提出的哲学问题依然令人深思，无法给出确切的答案。
在《黑客帝国》里面，你知道史密斯为何称呼先知为母亲吗？
因为先知确实就是他的亲生母亲，他当时已经知道了先知是生他的母亲，所以才会这样称呼她。
《黑客帝国》是如何揭开新世界？
我来到这里的目的，是为了告诉你们，一切将如何开始。
我要把那些被隐瞒的真相展示给他们看。
我将带给他们一个新的世界：没有你们，没有控制，没有规则，
没有界限……一切皆有可能。
这是在《黑客帝国》结尾处Neo留下的一段话，仿佛是圣
经《创世纪》中的语言。
然而，《黑客帝国》究竟带给我们一个什么样的世界？
本文将带你揭开这个谜团。
传说无论你从什么角度去看《蒙娜丽莎》，都会感觉她的眼睛在紧紧
地盯着你。其实，那是因为你从蒙娜丽莎的眼睛里，看到了自己。
《黑客帝国》就是这样奇异的一部影片。它仿佛是一面镜子，折射出你
自己，也折射出你身处的世界。佛语说，一花一世界，一叶一菩提，
正是这个道理。
所有观众都在《黑客帝国》里观赏到了场面火爆壮观的追车、爆炸
等好莱坞商业元素；
功夫迷们从《黑客帝国》中看到了地道的袁和平风格武打；
在科幻迷眼里，《黑客帝国》是经典硬科幻片；
计算机科学家发现原来计算机虚拟系统的最高境界就在《黑客帝国》；
哲学家们眼花缭乱了，这里面有柏拉图、拉康、鲍德里亚，有洞穴人、
大他者、缸中之脑、真实的荒漠……
基督徒们非常肯定地说：《黑客帝国》隐喻了耶稣基督的生平和
受难，证明了我们的世界是上帝创造的；
道家哈哈一笑，究竟是庄生梦见变成了蝴蝶，还是蝴蝶梦见
变成了庄生？
佛教徒们摇摇头，善哉，《黑客帝国》说的分明是“色即是空，
空即是色”，凡所有相，皆是虚妄！
其实，世界只有一个，真相也只有一个。真正的大道是相通的。
我们每个人去观察这个世界，得到的结果之所以不同，是因为每
个人观察角度的不同。你看到的只是你自己和你的世界。
按由表及里，由浅入深的顺序，我们可以把《黑客帝国》的世界
分为几个层：声色层、科学层、哲学宗教层、终极真理层。
下面我们逐层展开：
声色层，就是我们眼睛鼻子所看到的、听到的感官刺激。
《黑客帝国》系列故事梗概
托马斯·安德森表面上是个朝九晚五的电脑工程师，私下却是个高超的黑客-电脑黑客尼奥（Neo），他一直过着平常的生活，直到和神秘人物莫菲斯（Morpheus）、崔妮蒂（Trinity）等联系，一切都变得不同。莫菲斯等人把他带到真实的世界，令尼奥明白到他所认识的世界是电脑程序所创造的虚拟世界。它是机械世界的矩阵（matrix）为培养人类作为能量来源所创造的，程序模拟1999年的人类世界（现实世界其实已踏入2199年），矩阵透过内建的各种程序，借由和人体大脑神经联结的连接器，使视觉、听觉、嗅觉、味觉、触觉、心理（六根）等讯号传递到人类大脑时都仿佛是真实的，甚至在“死亡”时真身也会因为逼真的感受而死。创造这个趋近真实的梦境世界，目的在欺骗被机器囚禁的人类，令他们以为自己是真正的“活着”并能繁衍下去，而死后的人体则被拿来提取能源以继续供应矩阵。莫菲斯等人是较早被解放而得以脱离矩阵的一群。他信奉在矩阵中可预知未来的先知（Oracle），先知曾指莫菲斯将在有生之年找到救世主，而前代救世主死前，她也曾经预言他会再次来到人间拯救所有被机器所囚的人类。莫菲斯于是拼命寻找救世主。当联络到尼奥后，他预感尼奥就是转世的救世主（尼奥其实是第六代救世主）。但尼奥却对此身份有所怀疑。
来到真实世界后，尼奥通过与莫菲斯的电脑程序训练，发现只要有信念，能坚定的相信在电脑程序中的一切都不是真的，进入到矩阵中即可将各种模拟真实世界的物理现象如万有引力、摩擦力等扭曲、甚至破坏。在矩阵中可做出各种违背物理定律的事，例如：一拳把人打飞至十多米远、跳跃至半空停留七、八秒才落地等。
尼奥经过一番训练后，和莫菲斯等人再次透过连接器进入矩阵拜访先知，他们返回真实世界的途中，矩阵派出多个以史密斯（Agent Smith）为首的特工程序追杀。特工程序虽有人类的外表却不是真正人类，而是极善于扭曲矩阵中的物理现象、专门用来追捕目标的程序，并非人类所能匹敌的。而矩阵虽然是虚拟世界，但除非你已能纯熟界定自己是处于虚拟之中而不被其所惑，否则在当中被杀的人类于真实世界中亦难逃一死。莫菲斯知道尼奥还不相信这一切是虚拟的，为了保护尼奥而落入了特工程序之手。
尼奥等人发现原来他们一行人中的塞弗（Cypher）出卖了他们的情报予特工程序，导致莫菲斯被捕。塞弗回到真实世界后，将仍在矩阵的队友逐一杀死，但在准备杀死尼奥时，被另一队友坦克（Tank）所杀。坦克之后成功唤回尼奥和崔妮蒂，但莫菲斯却因无法唤回而持续和矩阵连线中。
为了唤回莫菲斯，尼奥等人商议后，决定和崔妮蒂再次连线进入矩阵。经过激烈的搏斗之后，他们终于成功救出莫菲斯。虽然莫菲斯和崔妮蒂成功回到真实世界，尼奥却在矩阵中被特工程序击毙呈现弥留状态，此时真实世界中的崔妮蒂紧依著尼奥和他对话并深深的吻了他，感受到真实世界的深情之后尼奥仿佛顿悟一般地复活了！复活后的尼奥对自己“救世主”的身份已无丝毫怀疑，明白到自己可以重写矩阵内程序的能力。他马上入侵了其中一个特工程序——史密斯，令史密斯烟消云散，消失得无影无踪。其他的特工程序吓得落荒而逃。
之后的故事在黑客帝国2：重装上阵中继续发展。